虽然2016年5月1日全面“营改增”，营业税将彻底退出历史舞台，但税务机关对营业税的纳税检查并不会停止。《中华人民共和国税收征收管理法》第五十二条规定：“因税务机关的责任，致使纳税人、扣缴义务人未缴或者少缴税款的，税务机关在三年内可以要求纳税人、扣缴义务人补缴税款，但是不得加收滞纳金。因纳税人、扣缴义务人计算错误等失误，未缴或者少缴税款的，税务机关在三年内可以追征税款、滞纳金；有特殊情况的，追征期可以延长到五年。对偷税、抗税、骗税的，税务机关追征其未缴或者少缴的税款、滞纳金或者所骗取的税款，不受前款规定期限的限制”。
财税〔2016〕36号《财政部、国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》附件二《营业税改征增值税试点有关事项的规定》第一条第十三项“试点前发生的业务”规定：“试点纳税人纳入营改增试点之日前发生的应税行为，因税收检查等原因需要补缴税款的，应按照营业税政策规定补缴营业税”。
基于上述规定，2016年5月1日全面“营改增”后，纳税人新发生的纳税义务改征增值税，但之前已经发生营业税的纳税义务，应缴、未缴的营业税并不能“一笔勾销”，一旦地税机关在税务检查中发现营业税问题，只要未超过追征期，依旧可以追缴、处罚并加收滞纳金。纳税人、扣缴义务人认为全面“营改增”后，以前存在的营业税问题可以“一笔勾销”的想法是非常危险的。
案例一：A房产产开发公司按合同约定于2016年4月1日前取得房屋预售收入1000万元，记入预收账款，未申报缴纳营业税。2016年5月1日“营改增”后，在当月按3%预征率预缴了增值税。2017年4月，某地税稽查局在对A房地产公司2016年度纳税情况进行检查时，发现了这一问题并进行了如下处理：按营业税的相关规定，被查单位2016年4月1日按合同约定取得的房屋预售收入1000万元已经发生营业税纳税义务，应申报经补缴归属期为2016年4月1日-2016年4月30日的营业税50万元，同时加收滞纳金。已经预缴的增值税，由A房地产开发公司向其主管国税机关申请退税或留抵。
案例二：B公司自2016年1月到12月出租房屋给另一家公司，合同约定2016年1月1日一次性付清全年租金10万元。B公司在2016年2月1日收到10万元租金，记入“其他应付款”，未申报缴纳相关税款。2017年4月，某地税稽查局在对B公司2016年度纳税情况进行检查时，发现了这一问题并进行了如下处理：按营业税的相关规定，B公司预收的10万元房屋租金已经发生纳税义务，应申报补缴归属期为2016年1月1日-2016年1月31日的营业税5000元，同时加收滞纳金并处以少缴税款50%罚款。
