政府性基金纳入预算管理后，应按《中华人民共和国国库条例》办理收入缴库。各项纳入预算管理的政府性基金除农村教育费附加由税务或财政部门负责征收管理外，其余各项基金由财政部驻各地专员办事机构同级财政部门或经同级财政部门委托的部门负责征收管理。为做好收入的征收管理工作，原则上仍按现行管理办法收缴，即原由财政部驻各地专员办事机构就地监缴的中央基金预算收入仍由专员办监缴入库，原由中央主管部门集中收缴的基金，仍由中央主管部门征收，并根据基金收缴情况每月分次办理缴库。原由地方部门收缴的基金，仍由地方收缴。缴库时应按基金所属预算级次分别缴入中央国库或地方国库，即属于中央基金预算收入的全部缴入中央总金库，属于地方基金预算收入的全部缴入地方金库，属于中央与地方共享的基金预算收入由地方收款部门按规定的比例分别将留归地方的收入缴入地方金库，属于中央收入的部分，汇解中央主管部门集中缴库。对于规定缴纳税款的基金收入，在扣除应缴税款后办理缴库。
