相对于公共信息系统，涉密信息系统具有以下特点：
信息内容不同：涉密信息系统存储、处理和传输的信息涉及国家秘密和其他敏感信息，需严格控制知悉范围；而公共信息系统存储、处理和传输的信息不涉及国家秘密。
设施、设备标准不同：涉密信息系统的安全保密设施、设备必须符合国家保密标准；公共信息系统的安全保密设施、设备虽也有一定技术标准要求，但不要求执行国家保密标准。
检测审批要求不同：涉密信息系统必须满足安全保密要求，符合国家保密标准，投入使用前要经安全保密检测评估和审查批准；公共信息系统投入使用前也需相关检测，但检测目的和要求不同。
使用权限不同：涉密信息系统严格控制使用权限；公共信息系统是开放性的，具备一定访问条件即可使用。
管理要求不同：涉密信息系统要加强全生命周期管理，涵盖规划、建设、运行、维护到废止的各个阶段。例如在运行维护委托服务方面，建设使用单位需压实主体责任。公共信息系统的管理则相对没这么严格。
风险评估不同：涉密信息系统投入使用后，建设使用单位需定期开展安全保密检查和风险自评估。如绝密级信息系统每年至少进行一次，机密级和秘密级信息系统每两年至少进行一次。公共信息系统风险评估要求相对较低。
