医药行业的税收优惠政策和税收规范文件多，税务风险高，处罚力度大，税务风险防范对医药企业发展尤为重要。
医药行业税务风险内嵌于采购、生产、销售三大环节，在每一个风险控制点都需要给予足够的关注。同时，医药企业分为药品生产企业和药品经营企业两大类，某些医药集团也存在产销合一的运营模式，在税务风险管理时既要关注制药和销售的区别，也要关注其联系。
采购环节的涉税风险
对于药品生产企业，原料采购是极其重要的一个环节，也是税务风险高发区域。对于药品经营企业，随着“两票制”等政策的推行，原有的采购环节税务管理模式需要进行相应的调整，也带来了一定的税务风险。
1.农产品收购发票规范抵扣。
在原料采购环节，对于中药饮片加工、中成药制造、疫苗生产等企业，因为农产品原材料需求较大，在采购环节容易产生涉税风险。《增值税暂行条例》规定，购进农产品，除取得增值税专用发票或海关进口增值税专用缴款书外，按照农产品收购发票或者销售发票上注明的农产品买价和13%的扣除率计算进项税额。
针对这一政策规定，存在两项涉税风险，其一，农产品收购发票仅限于收购单位向农业生产者个人收购免税农产品开具，从单位生产者（包括个体工商户）中购进原材料，必须取得增值税专用发票或者海关缴款书，才能允许抵扣。企业在开具发票时，需要重点关注发票开具对象，在企业内部设立受票方审核及采购产品审核的环节，只有直接从事植物种植、收割和动物饲养、捕捞的单位和个人，才可以向其开具农产品收购发票；并且采购的农产品必须是农业生产者自产且免税的产品，如果该农产品也是经转手再销售的，在发票开具上需要有新的考虑。
其二，收购发票由收购企业自行开具，企业可能会出于避税的目的，收购过程中发生的人工费、运保费、装卸费等都有可能计入收购价格中，试图提高收购价格以多抵扣进项税额。这样的做法已经不属于“避税”的范畴，存在偷税漏税的嫌疑，切忌踏入雷区。
2.“公司+农户”经营模式税收优惠谨慎适用。
其一，在企业所得税方面，国税总局明确采取“公司+农户”经营模式、从事农、林、牧、渔业项目生产的企业，可以享受减免企业所得税优惠政策。具体在医药企业，从事中药材种植、兽医服务等所得可以免征企业所得税。
其二，增值税方面，增值税暂行条例及其实施细则规定，从事种植业、养殖业、林业、牧业、水产业的农业生产者销售自产的初级农产品免征增值税。但纳税人采取“公司+农户”模式是否适用该政策，没有明确规定。在相关文件没有明确规定的情况下，企业采用“公司+农户”经营模式进行增值税免税筹划，存在税务风险。
3.“两票制”下税务风险管理方式改变。
“两票制”是压缩药品流通环节的一项政策，具体指生产企业到流通企业开一次发票，流通企业到医疗机构开一次发票。
“两票制”推行之前，药品从制药企业到医疗机构（即用药消费者）要经历多级分销商进行流通，税务方面的问题主要表现为流通层级多，发票开具链条过长，企业以控制成本为名，利用中间分销商“过票”和“倒买倒卖发票”的乱象。2017年初“两票制”试点推行后，购销流程缩短，且随着行业的规范，一些专门为了“过票”而设立的公司逐渐减少，药品流通企业需要清晰自己的行业定位，进行业务整合，将原来行走在合规边缘的业务剥离出去，减轻税务风险。在发票管理方面，对采购环节取得的进项税发票要进行甄别，严防不合规票据，对采购人员进行合规性培训，避免内外勾结，出现真发票假业务的情况。
生产环节的涉税风险
1.研发费用加计扣除优惠限额。
财税（2015）119号文对研发费用税前加计扣除政策进行了明确。通知明确企业开展研发活动中实际发生的研发费用，未形成无形资产计入当期损益的，在按规定据实扣除的基础上，按照本年度实际发生额的50%，从本年度应纳税所得额中扣除；形成无形资产的，按照无形资产成本的150%在税前摊销。
对于医药企业而言，研发费用包括人工费用、直接投入费用、折旧费用、无形资产摊销、新药研制的临床试验费及其他相关费用。在享受该项优惠政策时，需要注意防范其中的税务风险。对于医药企业较为典型的有两项。
一是双重优惠政策下固定资产折旧额按税法限额确定。
医药制造业属于轻工领域，财税（2015）106号文规定“对轻工、纺织、机械、汽车等四个领域重点行业的企业2015年1月1日后新购进的固定资产，可由企业选择缩短折旧年限或采取加速折旧的方法”。国家税务总局对119号文进行解读时，强调企业用于研发活动的仪器、设备，符合税法规定且选择享受加速折旧优惠政策的，在享受研发费用加计扣除政策时，就已经进行会计处理计算的折旧、费用的部分加计扣除，且不得超过按税法规定计算的金额。
二是研发支出资本化时点需谨慎选择。
《企业会计准则第六号——无形资产》并没有对研发支出资本化的时点作出明确规定，只提出需要满足的五项条件，但不同的企业，甚至不同的生产线都面临不同的情况，需要税务人员细心判断。
新药研发一般分为三个阶段：临床前、临床试验、获得新药证书后的继续研发。临床试验阶段包括第一期至第三期临床，需要取得临床批件后再开始；取得新药证书后的继续研发包括第四期临床试验及后续质量标准建立的试验，需要在药监局批准新药证书后再进行。
临床前的研发支出一般应该费用化。资本化时点是在取得临床批件后，还是在取得新药证书之后，要根据研发药物的类别确定。如果是全新的药物研发，临床试验成功的不确定性较大；如果是仿制药，不确定性可能会适度降低。在存在试验风险的情况下，假设在开始临床试验时（即取得临床批件时）就开始资本化，如果后期发现药效不佳停止试验，或者申报新药证书时未获得药监局审批，资本化的研发费用需要作为损失处理，带来税务风险。但从另一角度来看，如果全部取得新药证书后再进行资本化，那么对于风险较小的药品来说，费用化阶段则可能带来损失，无法在各个会计年度之间平滑利润。
因此，对于全新的药物研发，为了稳妥起见，避免损失申报及扣除等税务风险，可以在完成前三期临床试验，以取得新药证书为时点，将研发支出资本化。对于仿制药的研发，可以在取得临床批件后就进行资本化。
2.创新药免费试用不应视同销售。
在创新药研发时，制药企业会将一部分药品用于患者免费试用，有一部分税务人员认为这属于制药企业无偿赠送自产货物，将该行为归类为视同销售，属于增值税的应税行为。
其实这是一个误区，判断的关键点在于创新药免费试用到底是制药企业无偿赠送行为，还是研发生产的环节之一。从药品企业来看，提供创新药给患者免费试用，是其生产研发的一个环节。因此，财税（2015）4号文明确了药品生产企业销售自产创新药的销售额，为向购买方收取的全部价款和价外费用，其提供给患者后续免费使用的相同创新药，不属于增值税视同销售范围。
3.资产损失税务处理需注意增值税与企业所得税问题。
企业在生产经营过程中发生资产损失是非常普遍的现象，其间涉及的税务事项也是多样的。生化制药企业在生产过程中出现“倒罐”（将正在生产的罐中成品倒掉）现象尤为典型。生化制药行业对生产能源保障的要求较高，如果意外停电，培养基变质，整个培养罐中的菌种就会报废。当发生这类资产损失时，企业要尤其注意增值税和企业所得税的税务处理。
增值税方面，根据《增值税暂行条例实施细则》，因管理不善造成菌种变质报废属于非正常损失。根据《增值税暂行条例》，非正常损失的产品，所耗用的购进货物或者应税劳务的进项税额，不得从销项税额中抵扣。所以，企业在进行增值税申报时，其耗用的原材料、燃料、人工费用中包含的进项税额均需转出，不得抵扣。
所得税方面，根据《企业所得税法》《企业所得税法暂行条例》，生产中实际发生的菌种毁损报废损失属于可扣除的损失，在减除责任人赔偿和保险赔款后的余额后税前扣除。根据国家税务总局公告2011年第25号、2014年第18号，企业发生的资产损失，应按规定的程序和要求向主管税务机关申报后方能在税前扣除。且由于“倒罐”损失不属于可清单申报的损失种类，应以专项申报的方式向税务机关申报扣除。
销售环节的涉税风险
1.“两票制”试点影响企业所得税。
多数大型医药企业的销售费用占比非常高，考虑到医药行业的特殊性，财税[2009]72号文规定对医药制造企业广告费和业务宣传支出，不超过当年销售（营业）收入的30%的部分，准予税前扣除，超过部分准予在以后纳税年度结转扣除。
“两票制”试点推行后，医药流通企业受到监管影响，数量大幅减少，医药制造企业的营销渠道受限。其营销模式一方面可能由代理商模式转为自营模式，重新开拓市场势必带来销售费用的增长；另一方面也可能延续代理商模式，与大型药品流通企业签订销售框架协议。但由于流通通道缩小，可能由代理商占据卖方市场，制药企业销售费用议价能力降低，可能会出现销售费用增加的风险。在当前销售费用占比高的情况下，即使税务部门给予了特殊的税收优惠，如果医药企业的销售费用持续增加，可以税前扣除的销售费用占比减少，影响应纳税所得额，增加企业所得税，带来企业现金流动风险，形成税务风险。
2.销售费用大包干影响代扣个税。
很多制药企业采用销售费用大包干的形式，销售费用大包干是指药企与销售人员约定以销售量或销售回款额等反映销售绩效的指标为基础，按照一定比例计算营销费用，分别拨入公共基金专户和各销售人员的个人专户，拨入个人财务专户的额度为销售人员个人支配，通过发票报销的形式取得。
这时极易出现税收风险漏洞，发票报销本身就存在极大的自主操作性，销售人员极易舞弊造假侵占未实际发生的支出。没有实际用于营销活动的账户结余发放给销售人员，属于其工资薪金所得，依据《个人所得税法》《个人所得税法实施条例》，企业有义务代扣职工个人所得税，并按时缴库。虽然这部分支出不会直接影响企业成本费用，但漏扣漏缴个人所得税也是违反税法规定的行为，给企业带来合规风险。
加强企业税务风险防控
1.理解税收政策，规避税法适用风险。
医药企业税收政策繁多，要从业务本质出发，判断相应的税收政策是否适用。如前文所提到的创新药免费试用不征收增值税，表面上来看，免费试用的创新药是医药公司赠送给医疗机构，无偿赠送应视同销售，但从本质上来看，最终使用创新药的是病患，医院只是代为保管药品，创新药试用是药企借用医院的临床条件进行试验，属于生产环节，不应征收增值税。
2.完善内控体系，防范征管合规风险。
良好的内控体系是税务风险管理的基石。税务合规风险多缘于内控薄弱。销售费用大包干模式下，要规范员工报销程序，核查报销的真实性；农产品收购开具发票用以抵扣进项税，要准确把握收购金额和开具对象；发生资产损失，对应的进项税转出，要依照规定进行资产损失专项申报，合法合规进行税前扣除。
3.做好纳税筹划，抵御现金流动风险。
我国税法体系虽然繁杂翔实，但也不是事无巨细，一些税法政策依然在法律框架下，给了企业自主筹划的空间。比如企业研发支出资本化的时点，可以参考同类药品试验的成功率来进行选择。纳税筹划不是一味地钻法律空子，而是恰当适时地利用税法政策为企业谋求利润空间，以规避税收风险。
