通行费发票的抵扣方式如下：
首先，对于汽油费用，如果取得了专用发票（营改增前），并且这些汽油是用于生产经营的车辆，那么其进项税是可以抵扣的。
其次，停车费方面，如果同样能够取得专用发票，那么也可以进行进项税的抵扣。值得注意的是，在停车费改革之后，现在已经可以开具专用发票了。
再者，关于过路费的抵扣，根据财税[2016]47号的规定，从2016年5月1日至7月31日这段时间内，一般纳税人所支付的路桥、大门通行费，如果取得了发票（这里不包括财政票据），那么发票上注明的通行费金额是可以用来计算抵扣进项税额的。具体计算方式为：可抵扣的高速公路通行费进项税额=高速公路通行费发票上注明的金额。
综上所述，无论是汽油费、停车费还是过路费，只要满足相关条件并取得专用发票，都可以进行相应的进项税抵扣，从而为企业节省一定的成本。
